Swą nazwę wzięła od kaponiery kolejowej, pruskiego obiektu fortecznego wzniesionego na początku lat 70. XIX wieku. Jej zadaniem była obrona torów kolejowych prowadzących do Torunia i Stargardu. Umiejscowiono ją pod nasypem ziemnym, sąsiadującym z wiaduktem (dzisiejszym mostem Uniwersyteckim), który stanowił cześć drogi wylotowej z Poznania w kierunku Jeżyc. Z czasem całość zaczęto określać mianem Kaponiery. Nazwa ta zakorzeniła się w świadomości mieszańców, choć wielokrotnie znikała z przestrzeni miasta. W okresie PRL-u postanowiono odejść od historycznych naleciałości, a okazją ku temu była realizacja sztandarowych inwestycji komunikacyjnych, którymi zamierzano unowocześnić Poznań. W 1973 roku nadano powstałemu w tym miejscu wielkiemu rondu imię Mikołaja Kopernika. Nazwa Kaponiera powróciła z początkiem lat 90. XX wieku. Wówczas też zainteresowano się zachowanymi pod ziemią fortecznymi kazamatami. Wyeksponowano je ponad dwie dekady później, z chwilą zakończenia długotrwałej i uciążliwej przebudowy ronda, która zakonserwowała na lata betonową skamielinę infrastrukturalną rodem z minionej epoki.